Réunion annuelle des projets AgroDiv et BReIF

Du 1er au 3 juin à AgroParisTech, les équipes des projets AgroDiv (Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voûte de l’agroécologie : du génome au phénotype) et BReIF (Une e-Infrastructure pour accélérer l’utilisation de ressources biologiques diversifiées), deux projets du PEPR Agroécologie et Numérique, se sont réunies pour leur rencontre annuelle.

AgroDiv vise à caractériser la diversité génétique de 9 familles végétales et 9 espèces animales à partir de plus de 20 000 accessions végétales et 7 400 accessions animales pour permettre l'identification de variétés et races plus résilientes et robustes face aux enjeux actuels de l’agriculture. Cette approche multi-espèces, qui concerne à la fois les animaux et les plantes, constitue l’une des originalités du projet.

BReIF œuvre au développement et à l'amélioration des infrastructures numériques (données, analyses) au service des chercheurs qui mobilisent cette diversité génétique au bénéfice de l’agroécologie. Le projet facilite l'accès aux données et aux environnements d’analyse de données en renforçant l'interopérabilité entre infrastructures telles que RARe, IFB BioinfOmics, France Génomique, LIPH4SAS et PHENOME-EMPHASIS.

Parmi les avancées des deux projets présentés lors de ces trois journées :

• les travaux sur les pangénomes et leurs applications ;
• le transfert d'annotations sur graphes de pangénomes ;
• l'évolution de la recombinaison chez les ruminants ;
• l'estimation des coefficients de sélection à partir de données génétiques temporelles ;
• la prédiction génomique du potentiel adaptatif en réponse au changement climatique.

Des ateliers ont permis de découvrir plusieurs ressources et outils produits et disponibles pour la communauté scientifique : portails de données sur les ressources génétiques, technologies de génotypage-séquençage, approches K-mer pour la recherche de séquences dans de grandes bases de données, pipelines de pangénomique et outils de génomique comparative.

Les projets AgroDiv et BReIF contribuent à la structuration d’un réseau national de recherche autour de la pangénomique, génomique comparative, génétique quantitative et populationnelle, avec une visibilité à l’Europe et au-delà. Ces trois journées ont permis de partager les dernières avancées scientifiques, découvrir de nouveaux outils et renforcer les collaborations au sein de la communauté de recherche.